Il Santuario, costruito dai padri gesuiti a partire dal 1608, oltre che un piccolo gioiello artistico, è da sempre fulcro della devozione al Santo dei giovani, centro di spiritualità aloisiana e meta di pellegrinaggi da ogni parte del mondo.
Il Santuario di S.Luigi Gonzaga, sorge sull’area prospiciente la rocca gonzaghesca donata alla Compagnia di Gesù dal fratello del santo, il marchese Francesco. Fu con questo marchese, succeduto a Rodolfo, che il marchesato vide il suo maggior momento di splendore artistico, culturale e spirituale grazie alle nuove costruzioni e all’arrivo del nuovo Istituto Religioso. Egli volle chiamare nella città i padri gesuiti per una qualificata formazione della gioventù e per avere un memoriale vivente del fratello santo, pure lui gesuita.
Quello che oggi è il Santuario nacque nel 1608 con la costruzione della Chiesa e dell’attiguo Collegio per i ragazzi. Contemporaneamente, a 200 metri di distanza, le tre Nipoti di S.Luigi - Cinzia, Olimpia e Gridonia - in collaborazione con i padri gesuiti dettero vita al Nobile Collegio delle Vergini di Gesù per l’educazione delle ragazze di buona società. Così attorno a quello che attualmente è il Santuario, si trovava un polo educativo di eccellenza e un centro di irradiazione spirituale e culturale. Quello che oggi chiamiamo il Santuario, comprendeva il Collegio dei Gesuiti, la Chiesa e, in mezzo, un ampio corridoio o galleria di accesso ad entrambi. Il Collegio dei Gesuiti nel 1980 è diventato sede del Municipio della città, la galleria o corridoio è diventata nel 2006 la Sala don Rinaldo e la Chiesa, con l’arrivo della Reliquia del Santo nel 1610 divenne Santuario; nel 1964 fu elevata a Basilica minore da papa Paolo VI.
Attualmente il Santuario di San Luigi è formato dalla Basilica, dalla sagrestia settecentesca, dalla Sala don Rinaldo, da due piccoli giardini e dalla casa rettoriale.
Dedicata all'antico rettore che visse presso il Santuario di San Luigi Gonzaga per 53 anni (1947-2000), il sacerdote diocesano don Rinaldo Dalboni: in origine era il corridoio che metteva in comunicazione con la chiesa e con l’attiguo collegio costruiti a partire dal 1608 dai padri gesuiti su incarico del marchese Francesco Gonzaga. Attualmente si tratta di un piccolo atrio che si apre su piazza S.Luigi e poi il resto dell’ampio corridoio che porta verso la sacrestia. Nei secoli ha avuto varie funzioni a seconda delle mutevoli esigenze: corridoio, sala per la proiezione dei film per i giovani dell’oratorio di Castiglione, sala per esposizioni e mostre, deposito. Nel 2006 iniziarono i lavori per riqualificare e adattare alle esigenze nuove del Santuario anche questo spazio: rifacimento impianto elettrico e illuminazione, posa in opera dell’impianto di riscaldamento, ritinteggiatura, lucidatura del pavimento e dei marmi, sedie, maxischermo e impianto di amplificazione, restauro dei tre affreschi settecenteschi.
Questi affreschi attribuiti a un collaboratore dell’Anselmi, sono tre lunette collocate sopra le porte raffiguranti Gesù maestro all’ingresso, l’accoglienza di San Stanislao Koska presso la Compagnia di Gesù e l’apparizione della Vergine con il Bambino a San Luigi in abito da gesuita. Così nel 2006 il corridoio seicentesco ha preso la fisionomia di una bella sala multiuso adattata a luogo di accoglienza dei pellegrini, di conferenze, di ritiri spirituali, o di mostre e convegni. La domenica 11 giugno 2006 alle ore 18:30 dopo la solenne Concelebrazione presieduta dal Rettore del Santuario, alla presenza della popolazione e delle autorità cittadine il Vescovo di Mantova ha inaugurato la sala rinnovata e benedetto la lapide marmorea con la dedicazione a don Rinaldo Dalboni. Così da allora si chiamerà “Sala don Rinaldo”, in memoria di questo umile e amato sacerdote diocesano che per ben cinquantatrè anni ha animato con finezza e amore il Santuario, vedendolo elevato a Basilica da papa Paolo VI e accogliendovi pellegrino papa Giovanni Paolo II.
La Basilica di San Luigi Gonzaga si presenta con un'armonica facciata, arricchita da un protiro in marmo, da lesene tuscaniche e ioniche e da un timpano. La Chiesa fu costruita dai Gesuiti (1608), insieme all'attiguo Collegio, in occasione della Beatificazione di Luigi Gonzaga, fratello di Francesco che allora governava Castiglione. Fu ultimata nel 1610, consacrata nel 1962 da Mons. Poma, Vescovo di Mantova, ed eretta a Basilica da Papa Paolo VI il 21 Giugno del 1964. L'interno richiama la struttura della Chiesa del Gesù del Vignola a Roma ed è stata costruita rispettando i canoni imposti dal Concilio di Trento. Il progetto seicentesco è del gesuita Luca Bienni di Salò. Dopo una lunga interruzione furono ripresi i lavori nel 1761. Su progetto di Paolo Soratino di Lonato fu ricostruito il presbiterio, fu innalzata la cupola e fu collocato il complesso marmoreo del nuovo altare maggiore con al centro la pala raffigurante San Luigi Gonzaga in preghiera davanti alla Vergine.
Le due statue marmoree che stanno ai lati, simboleggiano l'Innocenza e la Penitenza e costituiscono un chiaro riferimento aloisiano. Sovrasta il tutto il trionfo eucaristico. Nella struttura dell'altare è inserita l'urna che racchiude la reliquia di S.Luigi: il sacro teschio che, portato da Roma nel 1610, fu prima collocato solennemente nella Chiesa Palatina di S.Sebastiano e poi trasferito nella Basilica che dal Santo prese il nome nel 1679.
Un prezioso organo, opera di Gerolamo Bonatti di Desenzano (1794), fu posto nella cantoria a destra del presbiterio. Lo strumento conserva le sue caratteristiche originarie. Una scritta ricorda che nel 1859 furono tolte alcune canne, conservate nel piccolo ambiente attiguo alla camera della manticeria, dai soldati piemontesi e francesi che, dopo la vittoria, giravano festosi "ziffolando" per le vie del paese. Sempre in presbiterio, di fronte alla sagrestia, in una piccola cappella laterale, sono esposti, in tre urne, i corpi delle Venerabili nipoti di S.Luigi: Cinzia, Olimpia e Gridonia, fondatrici del "Nobile Collegio delle Vergini di Gesù". Esse, per prime, seguirono l'esempio dello zio, consacrandosi a Dio in una vita di preghiera e di dedizione al prossimo, nell'insegnamento e nell'impegno educativo. Sul pavimento della Chiesa, in un loculo antistante il presbiterio, una lapide ricorda che lì è sepolto Carlo I, terzo principe di Castiglione e nipote di S.Luigi. Fu lui a far trasportare in questa chiesa la preziosa reliquia del Santo (1679).
A destra della porta d'ingresso la cappella di San Stanislao Koska. La pala posta sull'altare, raffigura il Santo in preghiera davanti ad un quadro della Pentecoste. L'opera datata 1737 è firmata dalla bolognese Lucia Torelli. Di fronte, la cappella del Crocefisso. Conserva una bella scultura in legno del Cristo morto sulla croce. L'opera attribuita ad un artigiano locale della fine del 1600, è caratterizzata da un certo realismo anatomico e cromatico. Segue quella dedicata all’Assunta. Il seicentesco paliotto dell’altare decorato con finissime tarsie marmoree, è abbellito al centro, da una piccola immagine dell’Assunta scolpita in marmo bianco. La tela, di autore ignoto, è della seconda metà del 1700. Di fronte, la cappella di San Francesco Saverio. Nella tela, sull’altare, il Santo viene rappresentato nell’atto di predicare il Vangelo ai popoli non ancora venuti in contatto con il Vangelo. L'opera, né datata, né firmata, risale alla prima metà del 1700. Segue quella dell’Addolorata. La pala dell’altare, porta in basso a destra, la scritta: "Guercino Giovanni Francesco - Cento 1650" e va collocata all'interno della tarda produzione del maestro ferrarese. Di fronte, la cappella di S.Ignazio di Lojola, il fondatore della Compagnia di Gesù. Sulla tela dell’altare è raffigurata l'apparizione della Trinità al Santo. L'opera è attribuita ad un pittore locale del 1700.
Il grande ambiente interno ad aula, che ricorda la pianta della chiesa del Gesù a Roma, si presenta nella sua semplicità architettonica, sottolineata dalle modulazioni dell’illuminazione con sei cappelle laterali; la decorazione è barocca. Al centro del soffitto, a botte, una tempera del pittore Martinenghi eseguita nel 1891, rappresenta il Santo che insegna il catechismo ai giovani di Roma, mentre sopra le cornici orizzontali della volta, sono raffigurati i dodici apostoli e i simboli dei quattro evangelisti. L'affresco fra le due membrature dell’arco trionfale eseguito nel 1741 dal pittore veronese Giorgio Anselmi, rappresenta la gloria di San Luigi Gonzaga. Fra le cappelle laterali e sulla parete di fondo, sono collocati dieci ovali monocromi della seconda metà del 1600, che, con la grande tela posta sopra la porta d'ingresso, illustrano episodi della vita interiore del Santo. Il pulpito, la tribuna del principe, i matronei e i sei confessionali lignei ricchi di intagli profondi a motivi vegetali, sono di pregevole fattura e risalgono alla fine del 1600 e ai primi del 1700.
L'area del presbiterio, delimitata da una balaustra in marmo, è dominata dalla monumentale e complessa struttura dell'altare maggiore di epoca tardobarocca, ricca di marmi, di sculture e di elementi architettonici. L'opera viene realizzata nel 1761 su progetto di Paolo Soratino.
Alle estremità laterali dell’altare e dell’ancona, addossata alla parete dell'abside, due copie di angeli in marmo bianco reggicandelabro e le statue classicheggianti raffiguranti le virtù dell’innocenza e della penitenza. Al centro, angeli genuflessi e cherubini ornano il tempietto che custodisce l'urna col teschio di San Luigi Gonzaga, donato dai Gesuiti al fratello del Santo, Francesco, nel 1610. Sopra la reliquia è collocata la pala del 1734 di Antonio Balestra raffigurante San Luigi in preghiera davanti alla Vergine. Il grande complesso marmoreo è sovrastato dal trionfo eucaristico (simbolo dei Gesuiti) e da angeli adoranti. Tra la mensa dell’altare a pianta concava e l'ancona, una scala in marmo permette ai fedeli di passare davanti alla reliquia del Santo.
Ai lati dell'altare maggiore, due mense in legno di noce intagliato con motivi decorativi cinquecenteschi. I quattro pennacchi della cupola, incorniciati da decorazioni a stucco, sono attribuiti al Pitocchetto (secolo XVIII) e rappresentano episodi della vita del Santo: la nascita, la prima comunione, la rinuncia al marchesato e l'ingresso di Luigi nella Compagnia di Gesù a Roma. La calotta interna della cupola, è ornata da una ricca decorazione a stucco con otto medaglioni affrescati, raffiguranti le virtù cristiane. La carità è rappresentata da SanLuigi vestito da principe nell’atto di soccorrere l’appestato. Nell’interno del cupolino della lanterna, una colomba rappresenta lo Spirito Santo. L'organo, collocato a destra del presbiterio datato 1794, è firmato da Gerolamo Bonatti. Le cantorie, in stile rococò, sono decorate da scene laccate su fondo oro e rappresentano paesaggi cinesi.
A sinistra del presbiterio, sotto la cantoria, si apre l'accesso alla sacrestia. Nel medaglione centrale del soffitto, è affrescata la gloria di San Luigi Gonzaga. Il vasto ambiente è arricchito da un arredo ligneo in noce di finissima qualità. Nella sagrestia si può ammirare un altare in legno intagliato, opera dell'artigiano castiglionese Tommaso Ceratelli (1684), ed altri quattro ovali monocromi in cornice seicentesca.
Recentemente sono stati realizzati vari interventi migliorativi o di restauro: sono state rinnovate le finestre della cupola e della navata, ripulite le scene dei pennacchi sotto la cupola, ritinteggiato tutto il presbiterio e l'esterno della Basilica con un colore verde acqua, molto chiaro, tipicamente settecentesco, e restaurato l'organo.
Con questi ed altri interventi si è voluto onorare la memoria del nostro Santo concittadino nel quarto centenario della sua nascita al cielo (1591-1991).